Przewodnik Użytkownika

Ogólne informacje

Swiss-PdbViewer potrafi wczytywać oraz prowadzić operacje na kilku molekułach jednocześnie.
Każda z molekuł zostaje wczytana do własnej warstwy/zakładki.. Każda molekuła składa się z grup (i.e. aminokwasów, nukleotydów, substratów itp. itd...). Każda grupa składa się z atomów, których koordynaty są pobrane/ustalone bezpośrednio z pliku PDB.

"Przestrzeń pracy"

Przestrzeń w której będziecie operowali jest podzielona na kilka oddzielnych okien.

Na górze znajduje się pasek narzędziowy który, często się przegrupowuje/zmienia (which regroups frequently)zawiera narzędzia służące do wyśrodkowywania jak również dokonywania pomiarów. Oprogramowanie udziela tam natychmiastowych, użytecznych informacji na temat atomów.

Następne okno udziela informacji na temat każdej warstwy (molekuł) wczytanej do programu. Pozwala również manipulować w jaki sposób są one wyświetlane.

Na środku, znajduje się główne okno gdzie możesz manipulować wyświetlanymi molekułami w czasie rzeczywistym, ich odległością, kątami, tworzyć mutacje oraz porównywać struktury.

Po prawej stronie jest panel kontrolny który pomaga w wygodny sposób w zaznaczaniu i manipulowaniu właściwości poszczególnych grup atomów.

Na dole ekranu jest okno które pokazuje ustawienie twoich protein. Podaje trochę informacji na ten temat oraz pozwala na przygotowanie sekwencji do Threading - czyli metody obliczeniowej przewidywania struktury białek z samej sekwencji białka za pomocą programu Swiss-Model.